中国兽类多样性监测网的监测样区（简称监测样区）目前主要集中于森林生态系统，涵盖了我国温带阔叶红松林、暖温带落叶阔叶林、亚热带山地常绿落叶阔叶混交林、亚热带常绿阔叶林、南亚热带常绿阔叶林、喀斯特季节性雨林和热带雨林等主要植被类型。

2011年以来，在中国科学院的支持下，中国兽类多样性监测网陆续在温带、亚热带和热带等气候带及中国自然保护地开展红外相机技术监测野生动物多样性，监测样区包括由中国森林生物多样性监测网络(Chinese Forest Biodiversity Monitoring Network, 简称CForBio)支持下建立的多个森林动态监测样地以及由科研院所和自然保护区等设立的合作监测样区。