中国兽类多样性监测网的监测样区（简称监测样区）目前主要集中于森林生态系统，涵盖了我国的主要森林植被类型。监测样区包括由中国森林生物多样性监测网络(Chinese Forest Biodiversity Monitoring Network, 简称CForBio)支持下建立的多个森林动态监测样地以及由科研院所和地方保护区等设立的监测样区。

2011年以来，在中国科学院的支持下，中国森林生物多样性监测网络陆续在多个森林动态监测样地开展红外相机技术监测野生动物多样性，如吉林长白山样地（阔叶红松林）、河南宝天曼样地（暖温带落叶阔叶林）、湖南八大公山样地（中亚热带山地常绿落叶阔叶混交林）、浙江古田山样地（亚热带常绿阔叶林）、广东鼎湖山样地（南亚热带常绿阔叶林）、广西弄岗样地（喀斯特季节性雨林）、云南西双版纳样地（热带雨林）。

其它监测样区有四川都江堰般若寺、青城山、龙溪—虹口保护区，陕西佛坪，云南哀牢山、高黎贡山，广东车八岭和南岭，黑龙江双河，河南济源太行山，湖南壶瓶山等。这些监测样区多数以野生动物多样性及其栖息地保护为主，但四川都江堰般若寺样区和青城山样区、陕西佛坪样区、云南哀牢山样区也开展用红外相机研究啮齿动物（松鼠）的种子贮藏行为。